公司按國家相關法律法規和政策建立法人治理結構，內設20個部室，下設2個分公司、5個全資子公司、3個控股子公司、3個參股子公司。

17個部室：黨群工作部、辦公室、工會辦公室、保衛保障部、財務部、人力資源部、企業管理部、技術管理部、質量安全監察部、合約法規部、紀檢監察部、審計與風險防控部、信息管理部、資源經營管理部、機電設備部、征遷工作部、土地事業部。

3個項目管理部：工程建設項目管理三、五部，第二調度中心項目管理部。

2個分公司：鄭州地鐵集團有限公司建設分公司、鄭州地鐵集團有限公司運營分公司。

5個全資子公司：鄭州市軌道交通置業有限公司、鄭州地鐵集團頤嘉實業有限公司、鄭州興龍城市發展有限公司、鄭州地鐵集團咨詢有限公司、鄭州尚瑞房地產開發有限公司。

3個控股子公司：鄭州市軌道交通設計研究院有限公司、河南中報軌道文化傳媒有限公司、河南鄭洛城際鐵路有限公司。

3個參股子公司：鄭州城市一卡通有限責任公司、鄭州中建深鐵軌道交通有限公司、鄭州時代交通電氣設備有限公司。